A CNT tem como competências as prevista no Artigo 184º do Decreto-Lei n.º 80/2015, de 14 de maio, nomeadamente as seguintes:

1. Acompanhar a aplicação e o desenvolvimento do disposto na lei de bases de política pública de solos, do ordenamento do território e urbanismo;
2. Emitir pareceres e recomendações sobre questões relativas ao ordenamento do território, por sua iniciativa ou a solicitação do membro do Governo responsável pela área do ordenamento do território;
3. Acompanhar e monitorizar a elaboração do relatório nacional sobre o estado do ordenamento do território;
4. Recomendar a elaboração, alteração ou revisão dos relatórios periódicos de avaliação sobre o desenvolvimento das orientações fundamentais do programa nacional da política de ordenamento do território, em especial sobre a articulação das estratégias setoriais;
5. Apresentar à Direção -Geral do Território propostas de elaboração de normas técnicas e procedimentos uniformes para todo o território nacional a aplicar pelos organismos com responsabilidades e competências em matéria de ordenamento do território;
6. Apresentar à Direção-Geral do Território propostas de elaboração de manuais técnicos de boas práticas em política de ordenamento do território; 
7. Publicar os relatórios, pareceres ou quaisquer outros trabalhos emitidos ou realizados no âmbito das suas competências;
8. As demais competências previstas no decreto-Lei n.º 80/2015 de 14 de maio que procede à revisão do Regime Jurídico dos Instrumentos de Gestão Territorial.

No âmbito da REN, a CNT tem ainda como competências as seguintes:

1. Elaborar e atualizar as orientações estratégicas de âmbito nacional da Reserva Ecológica Nacional (REN);
2. Acompanhar a elaboração das orientações estratégicas de âmbito regional;
3. Produzir recomendações técnicas e guias de apoio adequados ao exercício das competências pelas entidades responsáveis em matéria de REN;
4. Pronunciar -se, a solicitação dos municípios ou das comissões de coordenação e desenvolvimento regional, sobre a aplicação dos critérios de delimitação da REN;
5. Emitir parecer em caso de divergência entre as entidades com competências na aprovação de delimitação da REN a nível municipal;
6. Formular os termos gerais de referência para a celebração dos contratos de parceria entre as comissões de coordenação e desenvolvimento regional e os municípios, nos termos do regime jurídico da REN;
7. Gerir a informação disponível sobre a REN, disponibilizando-a, designadamente, no seu sítio na Internet.

Os pareceres que devam ser solicitados à CNT, nos casos previstos no decreto-Lei n.º 80/2015, são vinculativos para as entidades responsáveis pela elaboração dos programas.