Nas OENR são listados os seguintes Objetos de aplicação específica:

• Lagoa de Bertiandos;
• Lagoa de São Pedro de Arcos;
• Lagoa de Mira;
• Lagoa da Barrinha;
• Lagoa da Torre;
• Lagoa das Hortas;
• Lagoa dos Coudiçais;
• Lagoa do Bunho;
• Lagoa Redonda;
• Pateira de Fermentelos;
• Lagoa da Vela;
• Lagoa das Braças;
• Lagoa dos Teixoeiros;
• Lagoa da Salgueira;
• Lagoa do Paial;
• Lagoa das Toiças;
• Lagoa Seca;
• Lagoa Redonda;
• Lagoa das Favas I;
• Lagoa das Favas II;
• Lagoa Escura;
• Lagoa da Peixão
• Lagoa do Junqueiro;
• Lavajo das Murtinheiras;
• Lavajo da Lagoa do Marco;
• Lavajo do Amaro;
• Lavajo dos Tagarros;
• Lagoa da Zambujeira;
• Lagoa do Zambujo;
• Lagoa da Pedra;
• Lagoa do Ceirão;
• Poço do Brejo da Gradeza;
• Poço do Pinheirinho;
• Poço da Garça;
• Lagoa de Linhares;
• Lagoa das Rascas;
• Lagoa da Ponte;
• Lagoa da Besteira;
• Lagoa da Zorra;
• Lagoa Grande;
• Lagoa dos Eucaliptos;
• Lagoa dos Ferros;
• Lagoa da Atalaia;
• Lagoa de Grou;
• Lagoa da Nave;
• Lagoa do Jardim;
• Lagoa Funda;
• Lagoa do Ruaz;
• Lagoa do Bordoal;
• Lagoa do Garcia;
• Lagoa de Janines;
• Lagoa do Sequiadouro;
• Lagoa do Arrojadouro;
• Lagoa de Budens

Para além destas há que ponderar a inclusão de outras lagoas, nomeadamente as lagoas de Soenga ou de D. João (Resende), dos Salgados (Albufeira), das Dunas Douradas, de Vale do Garrão, de Almargem e de Carcavai (Loulé) e de Alcantarilha (Silves).

Para localização de algumas lagoas ver aqui