No âmbito das suas atribuições, a Comissão Nacional do Território (CNT) pode deliberar a constituição de grupos de trabalho (GT), para analisar assuntos específicos e apresentar propostas que possam fundamentar a discussão e tomada de decisão pelos membros da CNT.

Os grupos de trabalho integram representantes de entidades com assento permanente no órgão, podendo pontualmente integrar representantes de outras entidades que prosseguem interesses inerentes às matérias objeto das atividades em causa.

Encontram-se em funções os seguintes grupos de trabalho:

• Grupo de Trabalho da Reserva Ecológica Nacional (GT REN)
• Grupo de Trabalho dos Instrumentos de Gestão Territorial (GT IGT)
• Grupo de Trabalho do Relatório do Estado do Ordenamento do Território (GT REOT)