A Comissão Nacional do Território é composta por representantes de entidades com atribuições em matéria de gestão territorial, nos seguintes termos:

1. Pelo Diretor-Geral do Território, que preside;
2. Por um representante de cada uma das comissões de coordenação e desenvolvimento regional;
3. Por um representante da Agência Portuguesa do Ambiente, I. P.;
4. Por um representante do Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P.;
5. Por um representante da Associação Nacional de Municípios Portugueses;
6. Por um representante das organizações não-governamentais de ambiente e de ordenamento do território, a indicar pela respetiva confederação nacional;
7. Por um representante do município, entidade intermunicipal ou da associação dos municípios, quando estejam em causa matérias da respetiva competência.

Sempre que se revele necessário em função dos interesses a salvaguardar, devem integrar a Comissão Nacional do Território representantes que prossigam estes interesses, designadamente:

1. Um representante da Direção-Geral do Tesouro e Finanças;
2. Um representante da Direção-Geral dos Recursos da Defesa Nacional;
3. Um representante da Autoridade Nacional de Proteção Civil;
4. Um representante da Direção-Geral da Política de Justiça;
5. Um representante da Direção -Geral da Administração Local;
6. Um representante do Instituto da Mobilidade e dos Transportes Terrestres, I. P.;
7. Um representante da Direção-Geral de Energia e Geologia;
8. Um representante da Direção-Geral dos Recursos Naturais, Serviços e Segurança Marítima;
9. Um representante da Direção-Geral da Agricultura e Desenvolvimento Rural;
10. Um representante da Direção-Geral da Saúde;
11. Um representante da Direção-Geral da Educação;
12. Um representante da área metropolitana ou das comunidades intermunicipais, face aos interesses sub-regionais e municipais envolvidos.